Text

Studi In Silico Potensi Ko-Antibakteri Essensial Oil Lengkuas Merah dan Putih Melalui Mekanisme Inhibisi Enzim AAC 6’ Bakteri Gram Negatif

---

ABSTRAK

Enzim Aminoglikosida N-Acetiltransferase 6’ (AAC 6’) berperan penting dalam membentuk sifat resisten suatu bakteri terhadap antibiotik aminoglikosida. Enzim ini akan mengasetilasi aminoglikosida sehingga tidak bisa membunuh bakteri. Salah satu cara untuk mengatasi masalah bakteri resisten aminoglikosida adalah mencari senyawa bioaktif yang dapat menghambat enzim AAC 6’. Enzim AAC 6 dijadikan sebagai protein target dari senyawa ko-antibakteri yang sudah terbukti secara in vitro. Berdasarkan analisis in silico senyawa essensial oil (EO) lengkuas merah dan putih memiliki potensi sebagai ko-antibakteri, tapi mekanisme ko-antibakterinya belum diketahui. Pada penelitian ini telah dilakukan tahapan skrining, binding affinity dan interaksi molekuler ligan-protein enzim AAC 6’ bakteri. Pemilihan senyawa bioaktif sebagai kandidat agen ko-antibakteri didasarkan pada kemiripan pola interaksi dengan ligan standar (antibiotik) dan kekuatan interaksi ligan-protein. Berdasarkan hasil analisis in silico pada seluruh permukaan enzim AAC 6’ (docking acak) menunjukkan adanya kecenderungan senyawa bioaktif (ligan sampel) memiliki kemiripan pola dan kekuatan interaksi dengan ligan standar antibiotiknya. Ketiga senyawa bioaktif tersebut adalah alpha copaene, alpha humulene dan bisabolene. Hasil analisis lebih lanjut menunjukkan bahwa alpha humulene dan bisabolene merupakan ligan yang memiliki posisi, orientasi dan kekuatan interaksi terbaik pada sisi aktif enzim AAC 6’. Berdasarkan nilai binding affinity-nya maka bisabolene dan alpha humulene memiliki kekuatan interaksi relatif sama yaitu -5,3 – (-7,5) kkal/mol. Berdasarkan hasil analisis terhadap seluruh parameter yang diteliti, meliputi nilai RO5 Lipinski, jumlah interaksi hidrogen, pola kemiripan interaksi dengan ligan standar, nilai binding affinity dan karakteristik lainnya menunjukkan bahwa senyawa alpha humulene memiliki potensi aktivitas ko-antibakteri lebih kuat terhadap antibiotik aminoglikosida dengan mekanisme inhibisi enzim AAC 6’

Kata kunci: ko-antibakteri, skrining in silico, essential oil, lengkuas merah, lengkuas putih, Aminoglikosida N-Acetiltransferase 6’.

ABSTRACT

Aminoglycoside N-Acetiltransferase 6 'enzyme (AAC 6') plays an important role in shaping the resistance of a bacterium to aminoglycoside antibiotics. This enzyme will acetylate aminoglycosides so that it cannot kill bacteria. One way to overcome the problem of aminoglycoside-resistant bacteria is to look for bioactive compounds that can inhibit the AAC 6 enzyme. The AAC 6 enzyme is used as the target protein of co-antibacterial compounds that have been proven in vitro. Based on the analysis of in silico essential oil (EO) red and white galangal compounds have the potential as a co-antibacterial, but the co-antibacterial mechanism is unknown. In this research, screening, binding affinity and molecular interactions of the AAC 6 'enzyme bacterial ligand have been carried out. The choice of bioactive compounds as candidates for co-antibacterial agents is based on the similarity of interaction patterns with standard ligands (antibiotics) and the strength of ligand-protein interactions. Based on the results of in silico analysis on the entire surface of the AAC 6 'enzyme (random docking) shows the tendency of bioactive compounds (sample ligands) to have similar patterns and strength of interaction with their standard antibiotic ligands. The three bioactive compounds are alpha copaene, alpha humulene and bisabolene. Further analysis shows that alpha humulene and bisabolene are ligands that have the best position, orientation and strength of interaction on the active side of the AAC 6 enzyme. Based on the binding affinity value, bisabolene and alpha humulene have relatively the same interaction strength of -5.3 - (-7.5) kcal / mol. Based on the analysis of all parameters studied, including RO5 Lipinski values, number of hydrogen interactions, similarity patterns of interaction with standard ligands, binding affinity values and other characteristics indicate that alpha humulene compounds have the potential for stronger co-antibacterial activity against aminoglycoside antibiotics by inhibition mechanism AAC 6 'enzyme

Keywords: co-antibacterial, in silico screening, essential oils, red galangal, white galangal, N-Acetiltransferase 6 'Aminoglycoside.

---

Ketersediaan

1593C19II

1593 C 19

Perpustakaan FSM Undip (Referensi)

Tersedia

Informasi Detail

Judul Seri

KIMIA

No. Panggil

1593 C 19

Penerbit

: ., 2019

Deskripsi Fisik

-

Bahasa

Indonesia

ISBN/ISSN

-

Klasifikasi

499.2213

Tipe Isi

-

Tipe Media

-

Tipe Pembawa

-

Edisi

-

Subjek

-

Info Detail Spesifik

-

Pernyataan Tanggungjawab

Anantiyo Okke Hendrawan

Versi lain/terkait

Lampiran Berkas

Komentar

---

Anda harus masuk sebelum memberikan komentar