Text

Mekanisme Reaksi Sintesis Peptida Ac-GA-NH2 dan Ac-GG-NH2 : Studi Komputasi Ab Initio

---

RINGKASAN

Porositas jalur paraseluler untuk pengahantaran peptida sebagai obat
penyakit otak terhambat karena adanya tight junction yaitu interaksi kadherinkadherin antar sel. Porositas jalur tersebut dapat ditingkatkan dengan cara
memodulasi molekul kadherin menggunakan peptida hasil sintesis turunannya,
salah satunya adalah peptida ADT. Salah satu sekuens ADT yaitu ADT-10 (AcQGADTPPVGV-NH2) yang mengandung asam amino glisin (G) dan alanin (A)
dengan urutan peptida Ac-GA-NH2. Peptida Ac-GG-NH2 digunakan sebagai
pembanding untuk mengetahui pengaruh efek sterik (-CH3) yang ada pada molekul
alanin dalam pembentukan peptida Ac-GA-NH2. Tujuan penelitian ini adalah untuk
mengetahui mekanisme reaksi sintesis peptida yang paling mungkin dengan
pengkajian secara kinetika dan untuk mengetahui pengaruh efek sterik pada peptida
Ac-GA-NH2 dibandingkan peptida Ac-GG-NH2.
Metode yang digunakan untuk mempelajari mekanisme reaksi adalah
metode komputasi ab initio dengan tingkat teori dan basis set HF/6-31g**.
Perhitungan energi dilakukan untuk semua molekul baik reaktan, produk, keadaan
transisi (transition state) dan zat antara (intermediate). Setiap tahap mekanisme
reaksi akan melewati keadaan transisi dan membentuk zat antara. Cara kerja pada
penelitian ini adalah pembuatan file input, perhtungan (running) molekul, dan
analisis data melalui file output.
Tahap penetu laju mekanisme reaksi pembentukan Ac-GA-NH2 pada
mekanisme pembuktian terletak pada tahap pertama dengan energi aktivasi 15,947
kJ/mol dan pada mekanisme usulan terletak pada tahap kedua dengan nilai energi
aktivasi sebesar 1.165,981 kJ/mol, dan untuk Ac-GG-NH2 pada mekanisme
pembuktian juga terletak pada tahap pertama dengan energi aktivasi 16,525 kJ/mol
dan pada mekanisme usulan juga pada tahap kedua dengan nilai energi aktivasi
sebesar 1.126,780 kJ/mol. Adanya efek sterik mempengaruhi nilai energi aktivasi
pada pembentukan peptida Ac-GA-NH2 dibandingkan peptida Ac-GG-NH2 selain
itu struktur geometri molekul mengalami perubahan yang ditandai dengan
perbedaan sudut dihedral

SUMMARY

The porosity of the parasellular pathway for the delivery of peptides as a
drug for brain diseases is hampered due to tight junctions, namely the cadherincadherin interaction between cells. Porosity of these pathways can be increased by
modulating cadherin molecules using peptides synthesized by their derivatives, one
of which is ADT peptide. One of the ADT sequences is ADT-10 (AcQGADTPPVGV-NH2) which contains the amino acid glycine (G) and alanine (A)
with the peptide sequence Ac-GA-NH2. Peptide Ac-GG-NH2 was used as a
comparison the steric effect (-CH3) on the alanine molecule in the formation of AcGA-NH2 peptides. The purpose of this study was to determine the most probably
mechanism of peptide synthesis reaction through kinetics and to determine the
steric effects on Ac-GA-NH2 peptides compared to Ac-GG-NH2 peptide.
The method used to study the reaction mechanism is the computational ab
initio method with the theoretical level and HF/6-31g** basis set. Energy
calculations are carried out for all molecules both reactants, products, transition
states and intermediates. Each stage of the reaction mechanism will pass through a
transition state and form intermediates. The way of working in this research is
making input files, running molecules, and analyzing data through output files.
The rate determining step of the reaction mechanism of formation Ac-GANH2 in the proof mechanism is in the first stage with activation energy of 15,947
kJ/mol and in the proposed mechanism is in the second stage with activation energy
of 1.165,981 kJ/mol, and for the formation of Ac-GG-NH2 in the proof mechanism
also in the first stage with activation energy of 16,52 kJ/mol and in the proposed
mechanism is in the second stage with activation energy of 1.126,780 kJ/mol. The
presence of steric effect the activation energy of Ac-GA-NH2 formation, other than
that the structure of molecular geometry has changes that are marked by differences
dihedral angles.

---

Ketersediaan

1569C19I

1569 C 19-i

Perpustakaan FSM Undip (Referensi)

Tersedia

Informasi Detail

Judul Seri

KIMIA

No. Panggil

1569 C 19-i

Penerbit

: ., 2018

Deskripsi Fisik

-

Bahasa

Indonesia

ISBN/ISSN

-

Klasifikasi

1275

Tipe Isi

-

Tipe Media

-

Tipe Pembawa

-

Edisi

-

Subjek

-

Info Detail Spesifik

-

Pernyataan Tanggungjawab

Ahmad Dzikrullah

Versi lain/terkait

Lampiran Berkas

Komentar

---

Anda harus masuk sebelum memberikan komentar