Text

Studi Interaksi antara Peptida Siklik ADTC3 (Ac-CADTPC-NH2) dengan E-Cadherin Domain EC1-EC2 Menggunakan Metode Molecular Docking

---

ABSTRAK

Peptida ADTC3 telah diketahui dapat meningkatkan porositas (tight junction,TJ) pada blood-brain barrier (BBB). Peningkatan porositas terjadi karena adanya interaksi antara peptida ADTC3 dengan E-cadherin sehingga suatu molekul atau obat dapat masuk ke dalam sel dan terjadi pengobatan penyakit otak. Pada penelitian ini telah dipelajari mekanisme interaksi antara peptida ADTC3 dengan E-cadherin secara molekular sel menggunakan metode simulasi molecular dynamics (MD) dengan memilih 20 model struktur pada energi terendah dan molecular docking. Hasil docking 20 model struktur peptida siklik ADTC3 dengan E-cadherin domain EC1-EC2 menunjukkan bahwa setiap asam amino dari peptida ADTC3 berinteraksi dengan asam amino dari E-cadherin domain EC1-EC2 yang berlainan. Dari 20 model struktur peptida siklik ADTC3 yang berinteraksi kuat dengan E-cadherin domain EC1-EC2 yaitu model struktur A8. Hasil interaksi menunjukkan bahwa proses inhibisi pada E-cadherin domain EC1-EC2 terjadi pada daerah adhesion arm-acceptor pocket, situs ikatannya pada residu Asp1, Trp2, Val3, Ile4, Lys25, Met92 dan energi ikatannya sebesar -31,55 kJ/mol.

Kata kunci: Peptida ADTC3, E-cadherin domain EC1-EC2, Simulasi MD, Molecular docking

ABSTRACT

The ADTC3 peptide is a cadherin peptide, the peptide has been known to increase porosity (tight junction, TJ) in the blood-brain barrier (BBB). Increased porosity occurs because of the interaction between ADTC3 peptide and E-cadherin so that a molecule or drug can enter the cell and happen treatment of brain diseases. In this research we studied the mechanism of interaction between ADTC3 peptide and E-cadherin in molecularl cell using molecular dynamics (MD) method by selecting 20 structure models at lowest energy and molecular docking. The docking results of 20 structure models cyclic peptide ADTC3 with EC1-EC2 domain of E-cadherin show that each amino acid from ADTC3 interacts with amino acids from different EC1-EC2 domains of E-cadherin. Of the 20 structure models cyclic peptide ADTC3 that interacts strong with domain EC1-EC2 of E-cadherin is the structure model A8. The interaction results show that the inhibition process in EC1-EC2 domain of E-cadherin occurs in the adhesion arm-acceptor pocket region, the binding site on residues Asp1, Trp2, Val3, Ile4, Lys25, Met92 and binding energy of -31.55 kJ/mol.
Keywords: ADTC3Peptide, EC1-EC2 domain of E-cadherin, MD simulation, Molecular docking

---

Ketersediaan

1414C17IV

541,3 ATI s

Perpustakaan FSM Undip (Referensi)

Tersedia

Informasi Detail

Judul Seri

KIMIA

No. Panggil

541,3 ATI s

Penerbit

: ., 2017

Deskripsi Fisik

-

Bahasa

Indonesia

ISBN/ISSN

-

Klasifikasi

1768

Tipe Isi

-

Tipe Media

-

Tipe Pembawa

-

Edisi

-

Subjek

-

Info Detail Spesifik

-

Pernyataan Tanggungjawab

Atiatul Manna

Versi lain/terkait

Lampiran Berkas

Komentar

---

Anda harus masuk sebelum memberikan komentar