Text

Isolasi, Enumerasi Dan Deteksi Molekuler Gen Toxr Pada Bakteri Vibrio Parahaemolyticus Dari Tambak Udang Vannamae Di Rembang

---

ABSTRAK

Keberadaan bakteri patogen oportunistik di air tambak udang disebabkan
karena adanya tiga faktor penyebab diantaranya faktor lingkungan, kondisi udang
dan keberadaan bakteri patogen. Penyakit Vibrosis pada udang sangat merugikan
petani tambak karena selain dapat menurunkan hasil panen juga dapat
menimbulkan penyakit pada manusia. Bakteri yang sering ditemukan antara lain
jenis Vibrio. Gen toxR diketahui sebagai gen regulator transmembran yang
mengontrol ekspresi gen lain seperti gen toksin. Penelitian ini bertujuan untuk
mendeteksi adanya gen toxR bakteri V. parahaemolyticus pada sampel air tambak
dengan cara isolasi, enumerasi dan deteksi molekuler gen toxR dengan metode
Polymerase Chain Reaction (PCR). Isolasi bakteri dilakukan menggunakan media
selektif Vibrio CDVP. Enumerasi bakteri dengan metode TPC untuk mengetahui
kelimpahan bakteri yang diduga V. parahaemolyticus pada media selektif CDVP.
Ekstraksi DNA bakteri menggunakan QIAamp® DNA Mini Kit, hasil kualitatif
yang baik dari proses ekstraksi DNA kemudian dilakukan amplifikasi dengan
primer toxR. Proses sekuensing dikirim ke PT. Genetika Science. V.
parahaemolyticus yang diinokulasikan pada media CDVP menunjukkan warna
hijau kebiruan karena tidak dapat memfermentasi sukrosa. Jumlah bakteri V.
parahaemolyticus pada media CDVP adalah 6 x 102 CFU/ml air tambak sehingga
media kering CDVP Nissui dapat dijadikan sebagai media dalam proses
enumerasi bakteri Vibrio karena dapat dibedakan jenis bakterinya berdasarkan
warna koloni yang muncul. Protokol PCR yang digunakan adalah annealing pada
suhu 62ºC dengan siklus sebanyak 30 kali. Hasil elektroforesis menunjukkan
sampel bakteri dari air tambak positif mengandung gen toxR dengan panjang 368
bp. Dari data urutan basa nukleotida setelah proses sekuensing, sampel memiliki
persamaan 99% dengan V. parahaemolyticus yang ada di gen bank NCBI. Sampel
bakteri V. parahaemolyticus pada air tambak udang di Rembang diketahui
mengandung gen toxR.
Kata Kunci : V. parahaemolyticus, gen toxR, enumerasi, TCBS

ABSTRACT

The presence of opportunistic pathogen bacteria in shrimp pond water is
caused by 3 factor. There is environmental factor, shrimp condition and the
existence of bacteria. Vibrosis disesase in shrimp is harmfull to farmers because it
makes reducing result and caused disease in humans. Bacteria often found among
types of Vibrio. The toxR gene is known as the transmembrane regulator gene that
control the expression of toxin gene. This study aims to determine the existence of
toxR gene in Vibrio parahaemolyticus in pond water samples by PCR method.
Bacterial isolation was performed using selective media CDVP Nissui.
Enumeration of bacteria by TPC method to determine the number of suspected V.
parahaemolyticus on CDVP. Extraction of bacterial DNA using QIAamp® DNA
Mini Kit. A good qualitative result of the DNA extraction then amplified by toxR
primer. Sequencing process sent to PT. Genetica Science. V. parahaemolyticus
inoculated on CDVP media showed blue-green color because it can not ferment
sucrose. Dry media CDVP Nissui can be used as a medium in the enumeration of
Vibrio parahaemolyticus (1,6 x 102 CFU/ml in water sample) because it can be
distinguished by the type of bacteria colony color that appears. The PCR protocol
used was annealing at 62ºC with a cycle 30 times. Electrophoresis results showed
that bacterial samples from pond water positively containing toxR gene with
length 368 bp. From sequence base data of nucleotides, the sample has 99%
equation with V. parahaemolyticus in the NCBI bank gene. Samples of V.
parahaemolyticus bacteria in shrimp pond water in Rembang are known contain
the toxR gene.
Keyword : V. parahaemolyticus, toxR gene, enumeration, TCBS, CDVP

---

Ketersediaan

1155B17IV

1155 B 17-iv

Perpustakaan FSM Undip (Referensi)

Tersedia

Informasi Detail

Judul Seri

BIOLOGI

No. Panggil

1155 B 17-iv

Penerbit

: ., 2017

Deskripsi Fisik

-

Bahasa

Indonesia

ISBN/ISSN

-

Klasifikasi

1632

Tipe Isi

-

Tipe Media

-

Tipe Pembawa

-

Edisi

-

Subjek

-

Info Detail Spesifik

-

Pernyataan Tanggungjawab

Tu'thi 'Alawiyah

Versi lain/terkait

Lampiran Berkas

Komentar

---

Anda harus masuk sebelum memberikan komentar