Text

Deteksi Open Reading Frame (ORF) 100 pada Tanaman Padi (Oryza sativa L.) Varietas Jatiluhur Toleran Kekeringan

---

ABSTRAK

Oryza sativa varietas Jatiluhur merupakan salah satu varietas padi gogo lokal
yang toleran terhadap kekeringan. Perlakuan cekaman kekeringan diberikan pada
padi varietas Jatiluhur. Tujuan penelitian ini adalah untuk memperoleh fragmen
ORF100 DNA padi varietas Jatiluhur toleran kekeringan dalam mendukung
program pemuliaan tanaman padi yaitu pembentukan varietas unggul yang toleran
terhadap kekeringan dan berpotensi hasil tinggi. Isolasi DNA dilakukan pada
sampel padi varietas Jatiluhur tanpa perlakuan cekaman kekeringan (C0Vj) dan
dengan perlakuan cekaman kekeringan (C1Vj) yang dilanjutkan proses
amplifikasi menggunakan primer cp1 dengan metode PCR dan Gradient PCR
kemudian hasil amplifikasi disekuensing serta dianalisis filogenetika untuk
melihat kekerabatannya. Uji kuantitatif DNA padi menunjukkan bahwa DNA padi
sampel C0Vj dan C1Vj memiliki konsentrasi masing-masing sebesar 22,3 ng/µl
dan 9,9 ng/µl serta tingkat kemurnian yang baik masing-masing sebesar 1,84 dan
2,01. DNA padi sampel C0Vj digunakan sebagai sampel untuk gradien PCR yang
dilakukan dengan menggunakan 4 suhu yaitu suhu 45°C; 48,3°C; 51,8°C dan
54°C. Optimalisasi PCR dilakukan dengan suhu 51,8°C namun kedua sampel
DNA padi tidak teramplifikasi. Sekuensing DNA dilakukan dengan sampel C0Vj
hasil gradien PCR menggunakan primer reverse cp1 berukuran 363 bp dengan
persentase GC sebesar 32,50%. O. sativa varietas Jatiluhur berkerabat dekat
dengan O. sativa isolate 49 ORF100 gene. Karakterisasi molekuler DNA O.
sativa varietas Jatiluhur dengan menggunakan marka molekuler berbasis ORF100
mampu mendukung program pemuliaan tanaman padi yaitu pembentukan varietas
unggul yang toleran terhadap kekeringan dan berpotensi hasil tinggi.
Kata kunci: O. sativa, Jatiluhur, ORF100, toleran kekeringan

ABSTRACT

Oryza sativa variety Jatiluhur was one of the local upland rice variety that were
tolerant to drought. Drought stress treatment was given to rice plants variety
Jatiluhur. The purpose of this study was to obtain a DNA fragment of ORF100
Jatiluhur drought-tolerant variety of rice in the rice plant breeding program
supports the establishment of high-yielding varieties that are tolerant to drought
and high yield potential. Isolation of DNA carried out on samples of rice variety
Jatiluhur without drought stress treatment (C0Vj) and with drought stress
treatment (C1Vj) followed amplification process using primers cp1 by PCR and
Gradient PCR amplification then sequenced and analyzed the results of
phylogenetic to see phylogenetic relatives. Quantitative assay on DNA of rice
plants shows that DNA samples C0Vj and C1Vj had concentrations respectively
of 22,3 ng / ml and 9,9 ng / ml and a good degree of purity each of 1,84 and 2,01.
DNA rice of C0Vj sample used as a sample for the gradient PCR performed using
4 temperatures: 45 °C; 48,3 °C; 51,8 °C and 54 °C. Optimization of PCR was
performed with a temperature of 51.8 ° C but both samples DNA of rice plants
were not amplified. DNA sequencing was done with a sample of the results C0Vj
gradient PCR using reverse cp1 sized 363 bp with a GC percentage of 32.50%. O.
sativa variety Jatiluhur closely related to O. sativa isolate 49 ORF100 gene.
Molecular characterization of O. sativa variety Jatiluhur DNA using molecular
marker-based breeding program ORF100 able to support the establishment of a
rice crop yielding varieties that were tolerant to drought and high yield potential.
Key words: O. sativa, Jatiluhur, ORF100, drought tolerant

---

Ketersediaan

1093B17II

620,8 EVA d

Perpustakaan FSM Undip (Referensi)

Tersedia

Informasi Detail

Judul Seri

BIOLOGI

No. Panggil

620,8 EVA d

Penerbit

: ., 2017

Deskripsi Fisik

-

Bahasa

Indonesia

ISBN/ISSN

-

Klasifikasi

1544

Tipe Isi

-

Tipe Media

-

Tipe Pembawa

-

Edisi

-

Subjek

-

Info Detail Spesifik

-

Pernyataan Tanggungjawab

Eva Sasmita

Versi lain/terkait

Lampiran Berkas

Komentar

---

Anda harus masuk sebelum memberikan komentar