Text

Metode Analisis Singleplex Dan Multiplex PCR Untuk Deteksi Koi Herpesvirus (KHV) pada Ikan Mas (Cyprinus carpio L.) dan Ikan Koi (C. carpio koi) 571.1 MUT m

---

ABSTRAK

Koi Herpesvirus (KHV) mudah menyebar dan menyerang ikan mas dan koi terlebih ketika kondisi lingkungan yang mendukung, menyebabkan KHV menjadi salah satu masalah yang mengancam populasi ikan yang dibudidayakan. Banyak penelitian telah dilakukan mengenai deteksi KHV menggunakan diagnosa secara langsung meliputi 1) Isolasi dan identifikasi virus (secara in vitro) pada kultur jaringan 2) penggunaan mikroskop elektron melihat partikel virus dan 3) teknik Polymerase Chain Reaction (PCR). Diagnosis infeksi KHV berdasarkan isolasi dan uji PCR memiliki sensitivitas yang terbatas oleh sebab itu penelitian ini bertujuan untuk mendapatkan metode deteksi KHV yang lebih efisien. DNA untuk pengujian diambil bagian insang ikan mas atau koi dan di ekstraksi dengan menggunakan DNAzol. DNA diamplifikasi menggunakan 3 pasang yaitu primer modifikasi Yuasa (290 bp), primer Timidine Kinase (TK) (409 bp) dan primer Gilad (484 bp). Hasil positif didapatkan pita band dengan suhu annealing di suhu 55 ̊C. Uji validasi PCR dilakukan dengan cara uji spesifisitas PCR, telah diverifikasi dengan mencoba 3 pasang primer tersebut dengan sampel DNA Aeromonas hydrophila (AH) hasilnya tidak terbentuk pita DNA, dan uji sensitivitas PCR pada singleplex dan multiplex 10 kali pengenceran mampu mendeteksi KHV hingga pengenceran 10^3 dan pada singleplex hanya mampu mendeteksi hingga pengenceran 10^2. Uji konsistensi metode M-PCR ini telah diulang lebih dari 3 kali, dimana menghasilkan hasil yang sama ini membuktikan bahwa hasil yang dikeluarkan konsisten. Metode M-PCR ini lebih unggul dalam hal kecepatan, dan keefisienan dalam segi biaya.

Kata kunci: Ikan mas dan Koi, Koi Herpesvirus, Multiplex PCR, Uji validasi

ABSTRACT

Koi Herpesvirus (KHV) spread and attack easily the carp and koi especially when the environmental conditions are favorable. KHV become one of the real threats of fish populations were cultivated to threaten. Many studies have been done on KHV detection using direct diagnosis include 1) Isolation and identification of the virus (in vitro) in tissue culture 2) the use of an electron microscope view of viral particles and 3) technique of Polymerase Chain Reaction (PCR). The diagnosis of KHV infection by isolation and PCR tests have limited sensitivity and therefore this study aims to get KHV detection method is more efficientis. Gills carp’s or koi’s extracted using DNAzol. DNA was amplified using three pairs of primers: primer modifications by Yuasa (290 bp), primer Timidine Kinase (TK) (409 bp) and primer Gilad (484 bp) in once running PCR. Positive results of band DNA using that three pairs of primers at annealing 55 ̊C. Validity test conducted by test specificity, has been varified by trying three primers pairs with DNA sample Aeromonas hydrophila (AH) the result are band DNA not formed and test sensitivity of multiplex and singleplex with 10 fold dilution series, the highest dilution at multiplex PCR a positive result was 10^2 and the positive result of the highest dilution in singleplex PCR were 10^3. The consistency of M-PCR method has been repeated more than 3 times, which yield the same results prove that the results were consistent. M-PCR method is superior in terms of speed and efficiency in terms of cost.

Keyword: Carp, Koi, Koi Herpesvirus, Multiplex PCR, Validity

---

Ketersediaan

1071B17I

1071 B 17

Perpustakaan FSM Undip (Referensi)

Tersedia

Informasi Detail

Judul Seri

BIOLOGI

No. Panggil

1071 B 17

Penerbit

: ., 2016

Deskripsi Fisik

-

Bahasa

Indonesia

ISBN/ISSN

-

Klasifikasi

1460

Tipe Isi

-

Tipe Media

-

Tipe Pembawa

-

Edisi

-

Subjek

Sistem Informasi

Info Detail Spesifik

-

Pernyataan Tanggungjawab

Ainin Nur Mutafariqoh

Versi lain/terkait

Lampiran Berkas

Komentar

---

Anda harus masuk sebelum memberikan komentar