Text

Analisis Karakter Molekuler Jahe Emprit, Jahe Merah, dan Jahe Gajah Dengan DNA Barcoding matK dan ITS 571.2 HAM a

---

ABSTRAK

Tanaman jahe (Zingiber officinale Roscoe) biasa dimanfaatkan sebagai tanaman obat
maupun sebagai bumbu dapur untuk mengolah masakan dan panganan. Di Indonesia
terdapat tiga macam jahe yang banyak dikenal masyarakat yaitu jahe emprit, jahe
merah, dan jahe gajah. Karakter ketiga jahe tersebut secara molekuler dapat dilihat dari
perbedaan sekuens masing-masing jahe. Tujuan penelitian ini adalah untuk
mengkaraterisasi ketiga jenis tanaman jahe dengan DNA barcoding matK dan ITS,
kemudian mengetahui kekerabatan ketiga jahe tersebut, dan membedakan mana yang
lebih baik untuk karakterisasi jahe tersebut. DNA masing-masing sampel diekstraksi
menggunakan Qiagen DNeasy Plant Mini Kit, diikuti dengan proses amplifikasi DNA,
kemudian sequencing. Analisis data dilakukan menggunakan perangkat lunak
FinchTV, ChromasPro dan MEGA versi 6.0. Hasil analisis data memperlihatkan bahwa
karakter molekuler jahe emprit, jahe merah, dan jahe gajah memiliki 1 perbedaan basa
dari total 840 pb sekuens. Penelusuran sekuens sampel di BLAST menunjukkan bahwa
sampel merupakan Zingiber officinale, kemudian pohon filogenetik memperlihatkan
bahwa ketiga jahe tersebut masuk dalam satu kelompok sehingga dapat dikatakan
berkerabat dekat satu sama lain. Hasil sequencing dengan DNA barcode ITS
memperlihatkan adanya Heterozygote Indel Mutation sehingga analisis data tidak dapat
dilanjutkan. Hasil ini memperlihatkan bahwa DNA barcode matK pada penelitian ini
lebih baik untuk mengidentifikasi jahe dibandingkan dengan ITS.
Kata kunci: Zingiber officinale, DNA Barcoding, matK, ITS.v

ABSTRACT

Ginger (Zingiber officinale Roscoe) is commonly used as medicinal plant or as spices.
In Indonesia, there are three kinds of ginger widely known to the public, they are emprit
ginger, merah ginger, and gajah ginger. Their molecular characteristics can be seen
from the difference of each sequences. The purpose of this study is to characterize three
types of ginger with DNA barcode matK and ITS, and then to determine the
relationship between those three types of ginger, and the last is to differentiate which
DNA barcode is better to characterize those gingers. DNA of each samples was
extracted with Qiagen DNeasy Plant Mini Kit, followed by DNA amplification process,
and then sequencing. Data analysis was performed using 3 softwares, they are
FinchTV, ChromasPro and MEGA version 6.0. The result showed that molecular
characteristics of emprit ginger, merah ginger, and gajah ginger have 1 different base
from 840 bp of total sequences. BLAST result of each sample sequences indicates that
the sample is Zingiber officinale, and then the phylogenetic tree showed that all of three
types of ginger are closely related to each other. Sequencing result of DNA barcode
ITS showed that there is a Heterozygote Indel (Insertion or deletion) Mutation in
samples so the data analysis can’t be continued. This result means that DNA barcode
matK in this study is better to characterize ginger compared with DNA barcode ITS.
Keywords: Zingiber officinale, DNA Barcoding, matK, ITS.

---

Ketersediaan

1043B17I

1043 B 17

Perpustakaan FSM Undip (Referensi)

Tersedia

Informasi Detail

Judul Seri

BIOLOGI

No. Panggil

1043 B 17

Penerbit

: ., 2016

Deskripsi Fisik

-

Bahasa

Indonesia

ISBN/ISSN

-

Klasifikasi

1438

Tipe Isi

-

Tipe Media

-

Tipe Pembawa

-

Edisi

-

Subjek

-

Info Detail Spesifik

-

Pernyataan Tanggungjawab

Dina Annisa Hamid

Versi lain/terkait

Lampiran Berkas

Komentar

---

Anda harus masuk sebelum memberikan komentar