Text

Analisis Filogenetik Curcuma zedoaria (Temu Putih) Berdasarkan gen Internal Transcribed Spacer (ITS)

---

ABSTRAK
Yuliandini Pangestika. 24020111130033. Analisis Filogenetik Curcuma
zedoaria (Temu Putih) Berdasarkan Gen Internal Transcribed Spacer (ITS).
Laboratorium Genetika Jurusan Biologi Fakultas Sains dan Matematika, dan
Laboratorium Bakteriologi Molekuler UPT Laboratorium Terpadu Universitas
Diponegoro Semarang (dibawah bimbingan Anto Budiharjo dan Hermin
Pancasakati Kusumaningrum)
Curcuma zedoaria merupakan salah satu jenis dari Zingiberaceae yang memiliki
nama lokal temu putih. Nama lokal temu putih tidak hanya dimiliki oleh C.
zedoaria, namun juga dimiliki oleh C. mangga dan Kaempferia rotunda. Hal ini
akan menyebabkan pemilihan bahan obat menjadi tidak benar, sehingga efek
terapi yang diinginkan tidak tercapai. Oleh karena itu, analisis filogenetik penting
dilakukan untuk membedakan tiga jenis tanaman tersebut. Analisis filogenetik
akan menggambarkan klasifikasi secara taksonomi dari organisme berdasarkan
pada sejarah evolusi menggunakan sekuen DNA. Sekuen yang digunakan dalam
penelitian ini adalah Internal Transcribed Spacer (ITS). ITS diapit oleh daerah
pengkode 18S, 5.8S, dan 26S pada setiap unit rDNA dalam satu rangkaian
kromosom. Penelitian ini bertujuan untuk melakukan analisis filogenetik C.
zedoaria yang berasal dari Indonesia berdasarkan sekuen gen ITS. Metode yang
digunakan adalah isolasi DNA menggunakan metode Doyle dan Doyle (1987),
amplifikasi gen ITS menggunakan primer ITS1 dan ITS4, analisis sekuen gen ITS
menggunakan Basic Local Alignment Search Tool (BLAST), dan konstruksi
pohon filogenetik menggunakan MEGA6 dengan metode neighbor-joining tree
serta metode bootsrap sebanyak 1000 pengulangan. Hasil isolasi DNA
memperoleh konsentrasi 853 ng/µl dan nilai kemurnian 2,17. Amplifikasi daerah
ITS memperoleh produk berukuran 700 bp. C. zedoaria memiliki homologi
dengan C. zedoaria voucher JLS 71432 clone 4 yang berasal dari Ceko dengan
nilai persentase homologi 72 % dan gap 3 %. Analisis filogenetik menunjukkan
temu putih yang diperoleh merupakan C. zedoaria dan berbeda dengan C. mangga
dan K. rotunda. Penelitian ini menyimpulkan bahwa sekuen ITS C. zedoaria dari
Indonesia berbeda dengan C. zedoaria sekuen pembanding yang berasal dari
Ceko, namun keduanya berada dalam kelompok monofiletik Curcuma.
Kata kunci: Curcuma zedoaria, filogenetik, Internal Transcribed Spacer, temu
putih

ABSTRACT
Yuliandini Pangestika. 24020111130033. Phylogenetic Analysis of Curcuma
zeodaria (Temu Putih) Based on Internal Transcribed Spacer (ITS) Gene.
Genetic Laboratory Department of Biology, Faculty of Science and Mathematics,
and Molecular Bacteriology Central Laboratory of Research and Services
Diponegoro University Semarang (under the direction of Anto Budiharjo dan
Hermin Pancasakati Kusumaningrum)
Curcuma zedoaria belongs to Zingiberaceae family which has a local name white
turmeric. This local name is not only used by C. zedoaria, but also used by C.
mango and Kaempferia rotunda. This leads to incorrect of selection ingredients,
so that the therapeutic effect can not to achieved. Therefore phylogenetic analysis
is important to differentiate three types of these plants. Phylogenetic analysis
illustrated the taxonomic classification of organisms based on evolutionary
history. Sequence which used in this study was Internal Transcribed Spacer (ITS).
ITS flanked by the coding region of 18S, 5.8S and 26S rDNA on each unit in a
series of chromosomes. Aimed of this study was to perform phylogenetic analysis
of C. zedoaria which from Indonesia based on ITS gene sequences. Methods
included were DNA isolation using Doyle and Doyle method (1987), ITS gene
amplification using ITS1 and ITS4 primer, analysis of ITS gene sequences using
Basic Local Aligment Search Tool (BLAST), and construction of phylogenetic
trees using MEGA6 by neighbor-joining tree method and bootstrap method with
1000 replications. DNA isolation resulted DNA concentration of 853 ng/µl and
purity value of 2.17. Amplification of ITS region resulted in 700 bp product.
Result of homology search showed C. zedoaria had homology with C. zedoaria
voucher JLS 71432 clone 4 from Czezh Republic with 72 % homology and 3 %
gap. Phylogenetic analysis showed that white turmeric collected in this study was
C. zedoaria and different from C. mangga and K. rotunda. This study concluded
that C. zedoaria different from C. zedoaria from the Czech Republic, however
both were in a Curcuma monophyletic group.
Keyword: Curcuma zedoaria, Internal Transcribed Spacer, phylogenetic, white
turmeric

---

Ketersediaan

968B15IV

576 PAN a

Perpustakaan FSM Undip (Referensi)

Tersedia

Informasi Detail

Judul Seri

BIOLOGI

No. Panggil

576 PAN a

Penerbit

: ., 2015

Deskripsi Fisik

-

Bahasa

Indonesia

ISBN/ISSN

-

Klasifikasi

931

Tipe Isi

-

Tipe Media

-

Tipe Pembawa

-

Edisi

-

Subjek

Analisis Regresi

Info Detail Spesifik

-

Pernyataan Tanggungjawab

Yuliandini Pangestika

Versi lain/terkait

Lampiran Berkas

Komentar

---

Anda harus masuk sebelum memberikan komentar