Text

Studi In Silico Antimalaria :Uji Kestabilan Struktur Kompleks Hiptolida dan Senyawa Analog dengan Plasmepsin I pada Variasi pH Simulasi Dinamika Molekular

---

Penyakit Malaria disebabkan oleh parasit Plasmodium falciparum yang
masuk ke dalam darah manusia melalui gigitan nyamuk Anopheles betina.
Plasmodium falciparum mendapatkan nutrisi melalui proses degradasi hemoglobin.
Proses degradasi hemoglobin dikatalisis oleh beberapa enzim salah satunya adalah
plasmepsin I. Beberapa senyawa golongan lakton telah dilaporkan memiliki
aktivitas antimalaria, seperti hiptolida dan bufadienolida. Pada penelitian
sebelumnya dilaporkan bahwa hiptolida dan senyawa analognya diprediksi secara
in-silico memiliki potensi sebagai antimalaria. Hasil penelitian tersebut hanya
dilakukan pada variasi kondisi yaitu suhu, sehingga belum sepenuhnya dapat
menggambarkan kestabilan interaksi dan konformasi kompleks ligan-proteinnya.
Penelitian ini bertujuan untuk mendapatkan prediksi kestabilan interaksi dan
konformasi kompleks bioaktif-plasmepsin I dengan perbedaan variasi pH sehingga
dapat memprediksi potensi antimalaria dari hiptolida dan senyawa analognya secara
lebih tepat dan optimal.
Penelitian ini dilakukan melalui simulasi dinamika molekul (DM) selama
20 ns (nanosekon) dengan tiga variasi pH. pH 3 digunakan sebagai representasi dari
pH asam; pH 7 sebagai representasi dari pH netral; dan pH 12 digunakan sebagai
representasi dari pH basa. Protein yang digunakan pada penelitian ini adalah
Plasmepsin I dengan kode PDB 3QS1 sebagai protein target antimalaria. Senyawa
bioaktif yang digunakan pada penelitian ini adalah sinrotolida,hiptolida, dan
bufadienolida, sedangkan KNI-10006 sebagai bioaktif asli (native) yang terikat di
kristal Plasmepsin I. Hasil simulasi dinamika molekular dengan program Gromacs
versi 2020.1 diperoleh data nilai RMSD dan jari-jari girasi yang menggambarkan
kestabilan konformasi serta energi interaksi elektrostatik (COUL-SR) dan van der
Waals (LJ-SR) yang menggambarkan kekuatan dan kestabilan interaksi antara
plasmepsin I dengan hiptolida dan senyawa analognya.
Berdasarkan hasil studi yang dilakukan menunjukkan bahwa kompleks
plasmepsin I-sinrotolida (PM1-SIN) mempunyai kestabilan konformasi dan
kekuatan interaksi yang cukup kuat dibanding interaksi protein dengan ligan
lainnya pada kondisi pH 3, pH 7, dan pH 12. Kompleks plasmepsin I-sinrotolida
(PM1-SIN) juga mempunyai interaksi yang cukup kuat dengan residu target Asp-
32 dan Asp-215 membuatnya juga memiliki potensi antimalaria yang kuat,
didukung oleh kekuatan interaksi plasmepsin I-sinrotolida pada kondisi asam (pH
3) yang juga cukup baik. Hal ini sesuai dengan kondisi alami tubuh Plasmodium
falciparum yang cenderung bersifat asam (pH 3-5). Kestabilan konformasi dan
kekuatan interaksi yang baik dapat diprediksi dengan adanya kesesuaian sifat
kepolaran antara ligan dengan residu aktif yang mengalami protonasi atau
deprotonasi. Hasil analisis terhadap jarak terdekat residu-residu di sisi aktif
plasmepsin I dengan ligan menunjukkan bahwa Ser-77, Asp-32, dan Asp-215
merupakan residu-residu penentu interaksi antara protein plasmepsin I dengan
hiptolida dan analognya. Gugus lakton pada hiptolida dan senyawa analognya
merupakan gugus fungsi penentu interaksi ligan dengan plasmepsin I.
Kata Kunci : Antimalaria, Dinamika Molekul, Plasmodium, Hiptolida

---

Ketersediaan

2153C2023

2153 C 2023

Perpustakaan FSM Undip

Tersedia

Informasi Detail

Judul Seri

-

No. Panggil

2153 C 2023

Penerbit

: .,

Deskripsi Fisik

-

Bahasa

Indonesia

ISBN/ISSN

-

Klasifikasi

NONE

Tipe Isi

-

Tipe Media

-

Tipe Pembawa

-

Edisi

-

Subjek

-

Info Detail Spesifik

-

Pernyataan Tanggungjawab

Oei, Aldo Wanandy Wijaya

Versi lain/terkait

Lampiran Berkas

Komentar

---

Anda harus masuk sebelum memberikan komentar