Text

Drug Repurposing: Identifikasi Potensi Senyawa Antivirus dan Antikanker sebagai Inhibitor Protein Thymidylate Kinase untuk Pengobatan Cacar Monyet

---

Wabah cacar monyet (MPX) yang awalnya terjadi di Afrika, kini menyebar dan
berpotensi menjadi ancaman global. Wabah MPX disebabkan oleh monkeypox
virus (MPXV), yakni virus DNA untai ganda dari genus Orthopoxvirus. Replikasi
MPXV melibatkan protein thymidylate kinase (TMPK) yang berkontribusi dalam
sintesis nukleotida virus. Saat ini, antivirus spesifik untuk MPX belum tersedia.
Tujuan penelitian ini yaitu melakukan drug repurposing dengan mengidentifikasi
potensi senyawa antivirus dan senyawa antikanker sebagai inhibitor protein TMPK
dengan penambatan molekul dan molecular dynamics (MD) untuk pengobatan
MPX. Protein target TMPK yang kemiripannya tinggi dengan TMPK MPXV hasil
dari BALSTp, diambil dari PDB. Struktur kimia antivirus dan antikanker (ligand)
diperoleh dari PubChem. Ligand dipilih pada web server Way2Drug dengan kriteria
nilai PA > 0,70. Preparasi protein dan ligand dilakukan pada AutoDock, optimasi
geometri ligand dilakukan pada Avogadro. Parameter penambatan molekul
divalidasi dengan penambatan ulang. Penambatan molekul dilakukan pada
AutoDock Vina, dan simulasi MD dilakukan pada GROMACS (100 ns). Hasil dari
penambatan molekul, fludarabine PO4 memiliki afinitas ikatan paling negatif (-8,8
kcal/mol) di antara antikanker lainnya. Sementara itu, clevudine memiliki afinitas
ikatan paling negatif (-8,0 kcal/mol) di antar antivirus lainnya. Sebagian besar
ligand uji berinteraksi dengan residu asam amino yang sama dengan kontrol,
melalui ikatan hidrogen dan interaksi hidrofobik. Berdasarkan nilai RMSD dan
RMSF dari simulasi MD, antikanker fludarabine PO4 serta antivirus clevudine,
berpotensi berinteraksi secara kuat dan stabil pada sisi aktif TMPK. Berdasarkan
hasil penambatan molekul dan simulasi MD fludarabine PO4 dan clevudine
berpotensi menjadi inhibitor TMPK.
Kata kunci: in silico, molecular dynamics, poxvirus, orthopoxvirus, monkeypox virus, wabah.

---

Ketersediaan

1787B2023

1787 B 2023

Perpustakaan FSM Undip

Tersedia

Informasi Detail

Judul Seri

-

No. Panggil

1787 B 2023

Penerbit

: .,

Deskripsi Fisik

-

Bahasa

Indonesia

ISBN/ISSN

-

Klasifikasi

NONE

Tipe Isi

-

Tipe Media

-

Tipe Pembawa

-

Edisi

-

Subjek

-

Info Detail Spesifik

-

Pernyataan Tanggungjawab

Muhamad Firmanda

Versi lain/terkait

Lampiran Berkas

Komentar

---

Anda harus masuk sebelum memberikan komentar