Text

Keanekaragaman Protista Menggunakan Gen COI dan 18S rRNA pada Sedimen Mangrove di Desa Bedono, Kecamatan Sayung, Kabupaten Demak dengan Pendekatan DNA Lingkungan

---

Kawasan mangrove digunakan sebagai habitat berbagai organisme, salah
satunya adalah protista. Protista merupakan bioindikator lingkungan yang cukup
handal. Protista dapat diidentifikasi melalui pendekatan DNA lingkungan sebagai
pengkaya data identifikasi dengan morfologi. Gen COI dan 18S rRNA sebagai
penanda genetik dapat digunakan untuk identifikasi keragaman protista. Penelitian
ini bertujuan untuk membandingkan keanakaragaman kelompok protista
menggunakan gen COI dan 18S rRNA pada sedimen mangrove di Desa Bedono,
Kecamatan Sayung, Kabupaten Demak. Penelitian ini mengambil dua titik sampel,
yaitu Dusun Morosari (M) dan Dusun Bedono (B), Desa Bedono, Kecamatan
Sayung, Kabupaten Demak. Dilakukan pengambilan sampel pada permukaan
sedimen, kemudian dilakukan ekstraksi DNA menggunakan ZymoBIOMICSTM
Quick-DNA Fecal/Soil Microbe Miniprep Kit (D6010). Dilakukan analisis
kuantitatif DNA untuk mengetahui kemurnian DNA menggunakan
Spektrofotometer NanoDrop 2000 (Thermo Scientific). Sekuensing DNA dilakukan
dengan pendekatan Next Generation Sequencing (NGS) menggunakan mesin
Illumina. Masing-masing sampel DNA dari dua titik sampling diamplifikasi oleh
penanda genetik COI dan 18S rRNA. Untuk mendapatkan hasil sekuensing
dilakukan analisis bioinformatik data molekuler menggunakan program web-based
Galaxy untuk editing sekuen dan program R Studio untuk visualisasi data indeks
Shannon-Wienner, kemerataan, dominasi dan similaritas Jaccard. 13 Famili
berhasil diidentifikasi oleh COI dan sebanyak 49 Famili berhasil diidentifikasi
dengan gen 18S rRNA. Keragaman, dominansi dan kemerataan pada tiap lokasi
sampling memiliki perbedaan sesuai dengan kondisi masing-masing lokasi, dimana
sampel B diamplifikasi dengan 18S rRNA memiliki keanekaragamn dan
kemerataan paling besar. Kesimpulan dari penelitian ini, yaitu 18S rRNA lebih
spesifik untuk identifikasi kelompok protista dibanding COI.
Kata kunci: Protista, 18S rRNA, COI, DNA Lingkungan, Mangrove, Bedono,
Demak

---

Ketersediaan

1783B2023

1783B2023

Perpustakaan FSM Undip

Tersedia

Informasi Detail

Judul Seri

-

No. Panggil

1783 B 2023

Penerbit

: .,

Deskripsi Fisik

-

Bahasa

Indonesia

ISBN/ISSN

-

Klasifikasi

NONE

Tipe Isi

-

Tipe Media

-

Tipe Pembawa

-

Edisi

-

Subjek

-

Info Detail Spesifik

-

Pernyataan Tanggungjawab

Rizqi Widya Nur Kholifah

Versi lain/terkait

Lampiran Berkas

Komentar

---

Anda harus masuk sebelum memberikan komentar