Text

Optimasi Interaksi Asam Klorogenat, Kriptoklorogenat, dan Siringat dengan Human Serum Albumin dalam Inhibisi Reaksi Glikasi Melalui Simulasi Dinamika Molekular

---

ABSTRAK

Reaksi glikasi yang terjadi protein/asam nukleat/lipid menghasilkan produk akhir berupa advanced glycation end products (AGEs). Senyawa bioaktif turunan asam benzoar dan asam sinimat secara in vitro terbukti memiliki aktivitas anti glikasi yang dapat menghambat pembentukan AGEs. Asam klorogenat, asam kriptoklorogenat, dan asam siringat secara molecular docking diprediksi mempunyai interaksi lebih kuat pada sisi pengikatan protein human serum albumin (HSA). Metode molecular docking mengkondisikan protein dalam keadaan diam (statis). Hat tersebut belum menggambarkan fisiologis di dalam makhluk hidup yaitu protein dan senyawa bioaktif dalam keadaan bergerak (dinamis). Salah satu metode in silico yang mensimulasikan protein dan senyawa bioaktif dalam keadaan dinamis adalah dinamika molekular (DM). Penelitian ini bertujuan untuk mengoptimasi hasil penelitian molecular docking terkait interaksi asam klorogenat, asam kriptoklorogenat, dan asam siringat dengan protein HSA dalam menginhibisi reaksi glikasi melalui simulasi DM. Simulasi DM dilakukan menggunakan GROMACS 2018.3. Hasil penelitian ini menunjukkan bahwa interaksi senyawa bioaktif dengan protein HSA lebih optimal dalam menginhibisi reaksi glikasi. Berdasarkan nilai energi total interaksi dan kemampuan berinteraksi dengan residu utama target glikasi (Lys 199), asam klorogenat diprediksi berpotensi lebih kuat dalam menginhibisi reaksi glikasi dibandingkan asam klorogenat dan asam siringat. Residu-residu penentu interaksi senyawa bioaktif dengan protein HSA adalah residu aktif polar yaitu Lys 199, Arg 218, Arg 222, dan Arg 257.

Kata kunci: Interaksi, asam klorogenat, asam kriptoklorogenat, asam siringat, inhibisi, glikasi, protein HSA, dinamika molekular

ABSTRACT

Glycation reactions that occurs in protein / nucleic acid / lipids produce a final products in the form of advanced glycation end products (AGEs). The bioactive compounds derived from benzoic acid and cinnamic acid have been shown to have anti-glycation activity in vitro which can inhibit the formation of AGEs. Chlorogenic acid, cryptochlorogenic acid, and syringic acid by molecular docking were predicted to have a stronger interaction on the binding side of human serum albumin (HSA) protein. The molecular docking method that conditions protein in a static state. It has not taken account the actual physiological conditions in life, where proteins and bioactive compounds that move each other (dynamically). One of the in silico methods that simulates proteins and bioactive compounds in dynamic conditions is molecular dynamics (MD). This study aims to optimize the results of molecular docking studies related to the interaction of Chlorogenic acid, cryptochlorogenic acid, and syringic acid with HSA protein in the inhibition of glycation reactions through MD simulation. MD simulation was carried out using GROMACS 2018.3. The results of this study indicate that the interaction of bioactive compounds with HSA protein is more optimal in the inhibition of glycation reactions. Based on the total interaction energy and the ability to interact with the main residue of the glycation target (Lys 199), it is predicted that chlorogenic acid has a stronger potential in the inhibition of glycation reactions than chlorogenic acid and syringic acid. The residues that determine the interaction of bioactive compounds with HSA protein are the polar active residue: Lys 199, Arg 218, Arg 222, and Arg 257.

Key words: Interaction, chlorogenic acid, cryptochlorogenic acid, syringic acid, inhibition, glycation, HSA protein, molecular dynamic.

---

Ketersediaan

1746C20IV

1746 C 20-iv

Perpustakaan FSM Undip (Referensi)

Tersedia

Informasi Detail

Judul Seri

KIMIA

No. Panggil

1746 C 20-iv

Penerbit

: ., 2020

Deskripsi Fisik

-

Bahasa

Indonesia

ISBN/ISSN

-

Klasifikasi

NONE

Tipe Isi

-

Tipe Media

-

Tipe Pembawa

-

Edisi

-

Subjek

-

Info Detail Spesifik

-

Pernyataan Tanggungjawab

Fina Fatimatuz Zahro

Versi lain/terkait

Lampiran Berkas

Komentar

---

Anda harus masuk sebelum memberikan komentar